Probablemente puedas hacer algo con ffmpeg para recortar un lado, incluso quitar el efecto ojo de pez. No se va a ver increíble porque quedas fijo en una sola perspectiva.
Si no puedes quitar el ojo de pez con ffmpeg, al menos puedes renderizar un lado y luego usar algún software de edición de video para revertir el ojo de pez, probablemente.
Aquí tengo el comando de ffmpeg:
ffmpeg -i input.mp4 -vf "stereo3d=sbsl:mr" -c:v libx264 -crf 18 -c:a copy output_right.mp4
También hay otro comando que puedes probar que solo recorta un lado y codifica con NVENC. Un poco más rápido pero el resultado es un poco peor.
ffmpeg -hwaccel cuda -hwaccel_output_format cuda -i input.mp4 -vf "hwdownload,format=nv12,crop=iw/2:ih:0:0" -c:v hevc_nvenc -preset p4 -c:a copy output_left_hevc.mp4