RevvingUpkj A menos que haya un problema con el video en sí (puede ser, algunos formatos de video no están muy bien soportados, sobre todo en navegadores móviles), no logro reproducir tu problema.
Acabo de probarlo en Chrome móvil en Android:
1. Cargo un archivo
2. Cargo el mismo archivo otra vez (así hay dos en la cola)
3. Edito los timestamps del primer archivo de la cola, pongo todos los timestamps en la primera mitad del video y los guardo
4. Edito los timestamps del segundo archivo de la cola, pongo los timestamps en la segunda mitad y los guardo
5. Empiezo el procesamiento.
Me da dos resultados distintos:



No hice 48 celdas, pero dudo que cambie algo. Ojo que
TIENES QUE ESPECIFICAR todos los marcadores, si solo especificas algunos, los que faltan se rellenan automáticamente y se toman de los predeterminados empezando desde el inicio del archivo, ¿quizás ese era tu problema? Si solo necesitas 24 celdas en cada archivo, haz la cuadrícula de 24 celdas

VidGrid no admite cuadrículas "incompletas", te avisa de los marcadores "auto" si guardas menos de los esperados, y el número de marcadores sale en rojo en el editor de timestamps (y el diseño de la cuadrícula muestra las celdas que faltan):
